Les principales unités administratives de l'Inquisition sont ses trois grands ordos. La plupart des inquisiteurs appratiennent à l'un d'entre eux. Chaque ordo se voue à lutter contre une menace particulière.
Ordo Hereticus
En terme de taille, c'est le plus grand des trois ordos et ses inquisiteurs traquent l'ennemi au coeur même de la population de l'Imperium. Les membres de l'Ordo Hereticus sont parfois appelés "chasseurs de sorciers" ou "répurgateurs" à cause de la priorité qu'ils accordent à l'arrestation des psykers dangereux. Les mutants, les rebelles et les hérétiques sont également des cibles toutes désignées pour l'ordo.
Ordo Malleus
Les membres de l'Ordo Malleus sont peu nombreux et très soudés. Ses inquisitieurs font partie des hommes et des femmes les plus instruits, les plus incorruptibles et les plus dangereux de la galaxie. Cela vient sans doute du fait que l'ordo se dresse contre les adversaires les plus meurtriers qui s'opposent à l'humanité : les démons. Ces créatures sont les serviteurs des infâmes puissances qui résident dans le Warp. Ce sont des entités habitées par la folie et le mal, dont la seule présence engendre la corruption et la mort.
Ordo Xenos
Les inquisiteurs de l'Ordo Xenos protègent l'humanité contre les attaques prédatrices des xenos ou aliens. Pour la plupart des citoyens de l'Imperium, les non humains sont des abominations, des créatures abjectes avides de détruire la race humaine.
Certaines races xenos, comme les pillards orks, représentent une menace réelle pour l'humanité. Elles lancent des campagnes de grande ampleur contre des secteurs entiers de l'Imperium. Elles sont alors combattues par la Garde et la Marine Impériale, avec l'appui de l'Ordo Xenos. Mais les inquisiteurs se concentrent surtout sur la menace insidieuse engendrée par les xenos et contre laquelle les armées conventionelles ne peuvent rien... Il existe des xenos qui ont la capacité de prendre le contrôle d'êtres humains ou de dissimuler leur présence pour vivre au sein de communautés qu'ils corrompent. Les inquisiteurs de l'ordo sont à l'affût des signes révélateurs d'une infiltration de ce type pour l'éradiquer.
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